
Ninja Sát Thủ (Ninja Assassin) xoay quanh câu chuyện của Raizo (Rain), một trong những ninja sát thủ nguy hiểm nhất thế giới. Từ nhỏ, Raizo là một đứa trẻ đường phố bị bỏ rơi, sau đó được tổ chức Ozunu Clan – một hội kín với sự tồn tại chỉ được truyền miệng như huyền thoại – nhận về và đào tạo thành một sát thủ chuyên nghiệp. Dưới sự huấn luyện tàn nhẫn, Raizo trở thành một chiến binh lạnh lùng, nhưng anh luôn ám ảnh bởi cách mà tổ chức đối xử tàn nhẫn với những người bạn của mình.
Khi một người bạn thân của Raizo bị giết vì cố gắng rời khỏi Ozunu Clan, Raizo quyết định phản bội tổ chức và trốn chạy. Anh bắt đầu cuộc hành trình để trả thù tổ chức từng đào tạo mình, chờ đợi thời cơ hoàn hảo để thực hiện điều này.
Trong khi đó, tại Berlin, điệp vụ Mika Coretti vô tình phát hiện ra manh mối liên quan đến một tổ chức sát thủ bí ẩn từ Viễn Đông. Cô phát hiện ra sự liên kết giữa các vụ ám sát chính trị gia toàn cầu và tổ chức sát thủ này, đặc biệt là dòng tiền chuyển đến từ một nguồn vô cùng bí mật. Dưới sự chỉ đạo của cấp trên, Mika tiếp tục điều tra và tiến sâu vào hệ thống của tổ chức, bất chấp nguy hiểm đang chờ đợi cô.
Khi Mika càng tiến gần đến sự thật, Raizo cũng bắt đầu xuất hiện để giúp đỡ cô, vì anh cũng đang nhắm đến mục tiêu tiêu diệt Ozunu Clan. Bộ phim mang đến những pha hành động mãn nhãn, đặc biệt là những cuộc chiến khốc liệt của Raizo chống lại những sát thủ khác, khi anh dần dần tiến gần hơn đến việc trả thù tổ chức đã tạo nên con người anh.